Un brote viral ha cerrado una de las instalaciones militares más secretas y seguras del gobierno de EE. UU. y todo el personal científico y militar está encerrado en su interior. Se envía una pequeña unidad de Fuerzas Especiales, dirigida por el especialista Ethan Cole, para investigar. Como Cole, profundizarás en cinco niveles expansivos dentro de los confines del Área 51, descubriendo un efecto secundario mutagénico mortal del virus, así como una antigua colonia alienígena enterrada debajo de las instalaciones. Con una variedad de armas humanas y alienígenas, debes explorar conspiraciones para resolver el enigma del Área 51.