Blazing Angels 2: Secret Missions muestra la Segunda Guerra Mundial desde una perspectiva diferente: la de un piloto de élite que forma parte de un equipo secreto. En el juego, el jugador emprende algunas de las misiones más peligrosas en lugares exóticos de todo el mundo. Como piloto de élite, el jugador pasa de una gran aventura a otra, mientras lucha contra las armas experimentales más letales del Tercer Reich.