29 de julio de 2010. La hermosa ciudad de Saronica es destruida por el misterioso SMO. Agentes, conocidos como Subliminers, están colocados por toda la ciudad para oprimir a la población. Los supervivientes forman La Resistencia y se enfrentan ferozmente a las fuerzas del SMO en la batalla. La Resistencia está liderada por la esquiva Lily, que también prepara un excelente plato de macarrones con queso. Pasa al agente Kou Yanami, torturado por las dudas sobre las políticas de su empleador. Se apodera de dos pistolas del arsenal de SMO y se une a las fuerzas de la Resistencia. Sus pistolas son las Crimson, antiguas súper armas. Lily intenta proteger a Kou de sus tenaces perseguidores, pero a su vez cae presa de SMO. Ahora, Kou Yanami y la hija de Lily, Yuri, se propusieron liberarla... ¡y acabar con todos los SMO Subliminers que se interpongan en su camino!
