Cuando era niño, Link es engañado por Ganondorf, el rey de los ladrones Gerudo. El malvado humano usa a Link para obtener acceso al Reino Sagrado, donde coloca sus manos contaminadas sobre la Trifuerza y transforma el hermoso paisaje de Hyrule en un páramo árido. Link está decidido a solucionar los problemas que ayudó a crear, por lo que con la ayuda de Rauru viaja a través del tiempo reuniendo los poderes de los Siete Sabios.