Ambientada dos años y medio después de los eventos de la serie clásica de Naruto, los fanáticos de Naruto conocen personajes más antiguos a medida que la historia avanza y se desarrolla con numerosos giros en la trama. Naruto Shippuden: Ninja Council 4 también permite a los jugadores seguir a un Naruto mayor y sus amigos en la búsqueda para salvar a Gaara de la siniestra organización Akatsuki. Los jugadores pueden elegir a sus aliados y formar un escuadrón de tres hombres con técnicas especiales de jutsu para protegerse del peligro inminente. Tanto los fanáticos dedicados de la franquicia como los nuevos luchadores de Naruto pueden utilizar la pantalla táctil para desatar sus ataques jutsu únicos y enfrentarse a cualquiera que se interponga en su camino. Como beneficio adicional, los jutsu desbloqueables permiten a los aspirantes a ninja explorar áreas que antes eran inalcanzables.