Persona 5 es un juego sobre los conflictos internos y externos de un grupo de estudiantes de secundaria con problemas (el protagonista y un grupo de compatriotas que conoce en la historia del juego) que viven vidas duales como Phantom Thieves.
Tienen el día a día típico de un estudiante de secundaria de Tokio: asisten a clases, realizan actividades extraescolares y trabajan a tiempo parcial. Pero también emprenden aventuras fantásticas utilizando poderes de otro mundo para entrar en los corazones de las personas. Su poder proviene de la Persona, el concepto junguiano del "yo".
Los héroes del juego se dan cuenta de que la sociedad obliga a las personas a usar máscaras para proteger sus vulnerabilidades internas, y al literalmente arrancarse sus máscaras protectoras y confrontar su yo interior, los héroes despiertan su poder interior y lo usan para esforzarse por ayudar a los necesitados.
En última instancia, el grupo de Phantom Thieves busca cambiar su mundo cotidiano para que coincida con su percepción y ver a través de las máscaras que usa la sociedad moderna.