Más de un año después de los acontecimientos del Shadow Hearts original, Yuri se embarca en una nueva expedición en un mundo lleno de magia y criaturas. Ambientado durante la Primera Guerra Mundial, Shadow Hearts: Covenant te pone en el papel de Yuri y sus compañeros en su viaje para encontrar una cura para su maldición y derrotar a una secta malvada. Cada personaje tiene su propia personalidad, atributos, habilidades y misiones secundarias distintas. El resultado final de cada batalla se basa en tu velocidad y precisión mientras empleas una variedad de ataques, hechizos y formaciones defensivas.