Spectrobes: Beyond The Portals para Nintendo DS continúa la historia de Rallen y Jeena, oficiales de patrulla interplanetaria que descubren, excavan, despiertan y entrenan misteriosas criaturas fosilizadas conocidas como Spectrobes y luego las usan para luchar contra los enemigos. La historia gira en torno a los orígenes de misteriosos portales que conducen a dimensiones distantes.