Tom Clancy's Ghost Recon Advanced Warfighter 2 se basa en los eventos del primer juego y coloca a los jugadores en control de la unidad de combate de élite del ejército estadounidense, los Ghosts. En el año 2014, el creciente conflicto entre los leales mexicanos y las fuerzas rebeldes insurgentes ha llevado a México a una guerra civil a gran escala. Bajo el mando del capitán Scott Mitchell, los Ghosts deben enfrentar una amenaza inminente a los Estados Unidos.