コンピューター技術が発達した近未来…12歳の少年ジュニアは、その友達のテディ、アイビーとともに今大注目のゲーム「デジモンオンライン」をプレイしていた。このゲームでは、プレイヤーはデジタルワールドに入り、デジモンと一緒にエキサイティングな冒険を旅します。しかし運命の日、仲間たちがゲーム中に事故が起こり、デジタルワールドに閉じ込められてしまう！デジタルワールドでは邪悪な陰謀が企てられているのか？あなたはジュニアとして、デジモンを救い、友達を救うためにデジモンと一緒にクエストに出かけなければなりません！