ソ連のアフガニスタン侵攻は冷戦に新たな局面をもたらし、1984年には義手をした隻眼の男がこの国に現れた。彼を知る人は彼をスネークと呼びます。かつてアメリカの民間諜報ネットワーク「サイファー」によって歴史の表舞台から追われ、昏睡状態に陥った伝説の傭兵。スネークには、ついに目覚めたときに攻撃から救ってくれた旧友のオセロットが同行しています。
現在、スネークの元パートナー、カズヒラ・ミラーはアフガニスタンでソ連軍に拘束されている。スネークはミラーを救出し、伝説の傭兵が死んでいないことを世界に証明するという単独任務を引き受けなければなりません。その第一歩は、スネークの部下の多くを虐殺したまさにサイファーに対する復讐の道、そして全世界を巻き込む戦いへと繋がることになる…。
Ground Zeroes で始まったものは「V」で終わる必要があります。