メトロイドのスリル満点の戦いで邪悪なマザーブレインに立ち向かうのはあなたです!あなたは要塞惑星ゼーベスの中にいます。メトロイドが増殖する無限の秘密通路の惑星。メトロイドは放っておいても無害です。しかし、悪者の手に渡れば銀河を破壊する可能性があります。ゼベスを支配するマザーブレインによるメトロイドの悪用を阻止できるかはあなた次第です。しかし、それは簡単ではありません。アイスビーム、ウェーブビーム、ハイジャンプブーツ、ヴァリアーなどのパワーアイテムを使用するには、宇宙服を使って探索のために貴重なエネルギーを吸収する必要があります。あなたが生き残った場合、それはあなたとあなたが獲得した力でマザーブレインに対抗することになります。