『プリンス・オブ・ペルシャ：二つの玉座』では、プリンス・オブ・ペルシャが自分の王国に戻ると、王国が戦争で破壊され、自分に敵対していることに気づきます。あなたは時間を曲げる王子、または彼の邪悪な分身として、正当に自分のものである王位に戻ろうとする王子としてプレイすることができます。バビロンの都市環境を探索する際、それぞれ独自の能力と背景を持つ 2 人の異なるキャラクターが登場します。 Prince of Persia: The Two Thrones では、新しい Sands of Time の能力と、プリンス オブ ペルシャの物語の第 3 章にまったく新しい設定が追加されます。