肉食ロボットがチャイナタウンで群がる一方、凶暴な「フット」一族の血を引く残忍な忍術戦士たちが、ブロンクスからブロードウェイまで傍観者として大暴れしている。警察の SWAT チームは彼らを止めることができませんが、ティーンエイジ ミュータント ニンジャ タートルズなら止めることができます。だって、ピザのスライスを動力源として、ヌンチャクや刀の刃、そして対フット・クラン・ミサイルを積んだパーティーバスなどを携えて、いつでも暴れる準備ができているのだから。そこで、カメ、ラファエロ、レオナルド、ミケランジェロ、ドナテロとチームを組んで、カメのレーダーのスイッチを入れ、地図に従って、第六感で野蛮な罠や秘密の下水路を通過しましょう。厄介な忍術で頭を打ち、意味もなく飛び散るか、亀のスープにされるかのどちらかです!